ארגון ה"הגנה" וחבריו - בלתי חוקיים כלפי שלטונות ממשלת המנדט הבריטי - היו הצבא של המדינה היהודית שבדרך וסרו למרות המוחלטת של המוסדות הנבחרים של היישוב היהודי.
יחידות הפלמ"ח (יחידות המחץ) הוקמו במסגרת ה"הגנה" והיו הכוח הצבאי המגויס היחיד אשר עמד כל הזמן נכון לפקודה.
ה"הגנה" נשאה בעול הארגון, ההקמה וההגנה על היישוב העברי וההתיישבות היהודית באזורי הארץ השונים.
חברות וחברים רבים בארגון ה"הגנה" התגייסו למלחמה בנאצים במסגרת הצבא הבריטי. במהלך שרותם ביחידות השונות, לרבות ב"בריגדה היהודית", היו כפופים כל הזמן לפיקוד ה"הגנה", במקביל לכפיפותם למפקדיהם הבריטים.
חברי ה"הגנה" הופעלו להצלת יהודים ולהגנה על קהילות בחו"ל שנקלעו למצוקה ולסכנה. במלחמת העולם השניה שוגרו מן הארץ 37 צנחנים (34 גברים ו-3 נשים) חברי ה"הגנה" בניסיון לסייע לקהילות היהודיות שתחת הכיבוש הנאצי. 13 מבין הצנחנים נפלו בשבי האויב ושבעה נפלו במילוי תפקידם.
המוסד לעליה ב' של ה"הגנה" הפעיל חברי "הגנה" במבצע "הבריחה" וההעפלה בדרכי הים והיבשה של שארית הפליטה לארץ ישראל. במסגרת זו שוגרו 95 ספינות מעפילים והובאו ארצה כ-100,000 מעפילים-עולים.
חברי הארגון חונכו על מורשת טוהר הנשק, תוך הקפדה מרבית שלא לפגוע בחפים מפשע.
הקורס הצבאי הגבוה ביותר אשר קוים ה"הגנה" בתנאי מחתרת היה קורס מפקדי המחלקות (מם-ממים), הדגש בקורס זה היה על הכשרה כללית אשר כללה גם הפעלה ופיקוד על מסגרות צבאיות גדולות יותר. בוגרי קורס זה קבלו הכשרה שאפשרה להם לפקד בהצלחה על יחידות ועוצבות גדולות במהלך מלחמת העצמאות.
ארגון ה"הגנה" הקים את הגרעין והתשתית של התעשייה הצבאית הישראלית, של חיל המדע (חמ"ד), אשר על בסיסו הוקמה הרשות לפיתוח אמצעי לחימה (רפא"ל), של חיל החימוש, חטיבות צה"ל במלחמת העצמאות, של חיל האוויר וחיל הים, של חיל המודיעין וחיל הקשר.
ה"הגנה" היתה לצבא הגנה לישראל מיום הקמתו בתאריך י"ז באייר תש"ח - 28 למאי 1948.
ארגון ה"הגנה" והמטה הכללי של הארגון נשאו באחריות לפיקוד ולניהול הלחימה אשר הביאה לניצחון ישראל במלחמת העצמאות.
קטעים מפקודת היום להקמת צבא הגנה לישראל של ראש הממשלה ושר הבטחון דוד בן-גוריון:
עצום ורב החוב שחייב היישוב והעם היהודי ל"הגנה" בכל שלבי קיומה והתפתחותה".
בלי הניסיון, התכנון, כושר הפעולה והפיקוד, הנאמנות ורוח הגבורה של ה"הגנה", לא היה היישוב עומד במבחן-הדמים האיום שבא עליו בששת החודשים האלה, ולא היינו מגיעים למדינת ישראל".
אחד-עשר הרמטכ"לים הראשונים של צה"ל, למן יעקב דורי ועד רפאל איתן (בשנים 1947-1982) היו כולם יוצאי ארגון ה"הגנה".
