התיעוד הראשוני שנשמר בארכיון בשנותיו הראשונות התבסס על התעודות שנאספו ועל העדויות שנגבו לצורך כתיבת ספר תולדות ההגנה (כרכים א-ג, 1972-1954). בששת העשורים שחלפו מאז הקמתו המשיך הארכיון לקלוט תיעוד רב ומגוון, והוא כולל כיום כ-24,000 תיקים ובהם למעלה ממיליון תעודות, כ-7,500 עדויות, כ-24,000 תצלומים, כ-1,700 מפות, קרוב ל-1,000 כרוזים ולמעלה מ-9,000 ספרים. עם האוספים הבולטים של הארכיון נמנים אלפי תיקים של המחלקות הייעודיות השונות של שירות הידיעות (ש"י) של 'ההגנה' בשנות הארבעים; למעלה מ-100,000 תעודות של המחלקה לחקירה פלילית (Criminal Investigation Department - C.I.D.), או 'הבולשת', של משטרת המנדט; ומאות ספרי וחוברות הנצחה וזיכרון לנופלים מאנשי 'ההגנה', ובעיקר לחללי 'ההגנה' וצה"ל במלחמת העצמאות.
הארכיון מפרסם כתב עת מדעי, ההגנה: מחברות מחקר, שבו רואים אור מחקרים ותעודות מוערות הנוגעים ל'הגנה', ושותף לייזום והפקת סדרת הספרים תש"ח - המלחמה על הערים, המוקדשת לפרסום מחקרים אודות המערכה על הערים הערביות והמעורבות במלחמת העצמאות.
הארכיון גם מקיים סדנה שנתית להעשרה היסטורית לתלמידי תיכון, המשלבת בין דיונים בהיסטוריה כתחום חקר ודעת לבין פרשיות מן ההיסטוריה הצבאית של הציונות והיישוב, בדגש על תולדות 'ההגנה'.
הארכיון לתולדות 'ההגנה' מקבל מבקרים, בתיאום מראש, בימים א-ה בין השעות 16:00-09:00. הארכיון סגור בסופי שבוע ובחגים.
